魔术师与英灵为夺取能如愿所偿的愿望机“圣杯”而展开圣杯战争。日本的第五次圣杯战争结束后的几年，在美国西部的城市雪原市被观测到有新的圣杯战争预兆，集结的魔术师与英灵……缺失的职阶，无法被选中的英灵，暗中涌动的国家，为战斗造起来的城市。
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在与为了实现“天下布武”，用武力及恐怖的施政冷酷地蹂躏他国的第六天魔王・织田信长，以天下为赌注展开的死斗之后——武田与上杉，在两军历来的合战之地・川中岛，双方大名武田信玄与上杉谦信为了一决雌雄，继续展开着激烈的攻防战。 另一方面，在川中岛东侧，宿命对手的苍与红——伊达政宗与真田幸村，进行着期待已久的胜负之战。但就在此时突然收到了奇袭的来报。谜一般的大军将武田・上杉・伊达三军彻底地包围在川中岛之地。而率领着那个谜之军队的人……那是，在魔王・织田信长死后再次将日之本陷入大乱的战国霸王・丰臣秀吉。 战国乱世再度降临！！！
