故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
整个宇宙分为域内宇宙和域外宇宙，两个宇宙彼此为敌，域外宇宙由天魔统治，域内宇宙分为神界，仙界，凡间。 在宇宙中，像天罚大陆这样的凡间位面，数不胜数，其统称为：九天星域。九天星域中，九大仙帝统领九重之中所有星域。九天之上，乃炼仙神域，仙人最终化神之路，必要通过炼仙神域，方能凝聚神格，成为神，到达神界。神界万族林立，各族之神极为强大。在遥远的过去，神界万族，被始源至尊、混沌至尊，还有鸿蒙至尊统领。三大至尊，三足鼎立，统管神界、九天仙界。 鸿蒙神界之主鸿蒙至尊，身份尊贵，属下众多，为神界最强之人，精通天下万术。彼时的鸿蒙至尊虽实力强大但待人和善，仁慈宽厚，对朋友充满信任，以平等的态度看待人仙神三界。在域外宇宙入侵时，鸿蒙至尊被混沌至尊和始源至尊设计联手杀害，并诅咒其万世轮回。鸿蒙至尊亲人手下被杀，家园被夺，理念被改，就连最疼爱的徒儿灵霞天尊也背叛了他。而且在他万世轮回中被世世灭门，直到最后一世转生到了谭云身上。 谭云是望月镇小贵族谭家的少爷，但鸿蒙至尊转生之人需要受到生死刺激才能觉醒，所以谭云在起初的十六年一直是一个被人欺负鄙视的废柴。在婚礼中，谭云撞见未婚妻与司徒家少爷偷情并被殴打，在将死之时终于觉醒了鸿蒙至尊的记忆。 原先废柴的谭云凭借着鸿蒙神胎，逆天改命，拥有了神级的天赋，然后开始修炼前世的功法，快速提升修为。谭云先是报了家仇，再进皇甫圣宗。此后他凭借着鸿蒙至尊的智慧和术法在皇甫圣宗平步青云，一路成为宗主，最终统一了天罚大陆。在此期间，他遇见了转世的属下和妻子，找到了自己身为至尊时使用的神器，知晓了神界发生的大事，并且也收获了多位风姿卓绝的佳丽。
天枢大陆百族林立，日渐式微的人族当有绝代天骄出世！且看一个天生至尊武魂的少年，如何普渡百族天才！他，低眉，为普渡众生。他，怒目，为斩妖除魔。他，登临绝顶，为体悟无敌之寂寞。他，脚踏沧海，欲揽天为岸！
每当黑暗污染这片大地时，一群正义勇敢的少年便会挺身而出，他们环绕在雅典娜的周围，与世间邪恶展开殊死搏斗。一代又一代，雅典娜的圣斗士们从未退却。当星矢、紫龙等圣斗士经历了无数的磨难与考验后，新一代的圣斗士也相继成长起来。他们分别是天马星座光牙（绿川光 配音）、幼狮星座苍摩（小西克幸 配音）、天鹰星座尤娜（雪野五月 配音）、天龙星座龙峰（柿原彻也 配音）、豺狼星座荣斗（柿原彻也 配音）等人。与此同时，蕴藏着黑暗小宇宙的邪恶战神玛尔斯（柴田秀胜 配音）率领斗士火星士向和平的大地逼近。圣斗士的内战再次掀起，而正义的战士们也面临着新的挑战…… 本片依据日本著名漫画家车田正美的经典原著改编
