自公元2001年,况天佑(尹天照饰)、马小玲(万绮雯饰)和他们的一班好友成功阻止女娲灭世危机后,世人度过了三年和平的日子。然而世上最后一个女神瑶池圣母(陈炜饰)为了重投人王伏羲(郑浩南饰)的怀抱,竟以红雪病毒将整个盘古灭族。天佑更是身受病毒之苦,小玲因而回到宋朝,寻找天佑前世。为了拯救生死未卜的天佑,小玲孤注一掷地踏上了征程。当天佑出现与小玲重逢时,命运却再次捉弄世人。圣母、人王二人因为命运与憎恨决定开战,马小玲、况天佑又再次肩负起救世的重任。
本剧讲述二战期间1942-1945年澳门“孤岛”时期的抗战风云故事。1941年12月香港沦陷后,澳门成为各国战略物资中转交换的重要港口和国际情报中心,被推到风口浪尖。澳葡政府名为“中立”,实则任由日军泽荣作特务机关横行霸道。爱国华人何贤、马万祺以及中共地下党柯麟等人以强烈的爱国心与责任感团结同胞,凝聚起中华总商会、镜湖医院和同善堂等澳门华人社团力量奋力反抗。在危难时刻,他们发现只有中国共产党才能救中国,才能给中华民族带来全新的希望。澳门爱国华人和中国共产党同心同德与日本侵略者在金融战、情报战、物资战等各条阵线上斗智斗勇,取得一次次重大胜利。澳门的抗日救亡运动,不仅帮助澳门同胞渡过了澳门史上艰难的“风潮”岁月,同时筹集大量抗战物资和款项为支持全中国抗战和世界反法西斯战争作出了重要贡献。
かわぐちかいじの同名マンガを映画化した「沈黙の艦隊」の続編にあたる物語が後半で紡がれる。