《穿书自救指南》改编自晋江文学城作家墨香铜臭小说《人渣反派自救系统》，亲爱的玩家，欢迎来到《人渣反派自救系统》.......普通青年沈垣原为修真小说《狂傲仙魔途》的读者，因看完书后骂出激活码而触发了神秘系统，因此穿入《狂傲仙魔途》书中世界的人渣反派沈清秋躯壳中。为了改变人渣反派沈清秋最后被徒弟洛冰河揭开真面目落得身败名裂而死的下场，他开始了漫漫洗白之路……
在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化……与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
