武庚抵达神隐部，一边接受战斗训练，一方面逐渐了解神族的各种消息并被众人告知自己是伏羲预言中的命运之子。平稳的生活没有持续太久，神族很快对神隐部发动了攻击，在神隐部大战中，武庚虽然在战斗中觉醒了神力，但仍然不敌十刑，即使和阿岚连手仍然战败。另一边，伏羲被天魁重伤，双眼被心月葵夺去。
跟随会长来到境外的白武发现造假集团残党？拥有系统的竟不止他一人？回国之后意外不断，公司被查、养父母被绑、系统消失、屡次救场的神秘人，种种艰险白武该何去何从？
“我不是无所不知，但我知道阿良良木的事情。”完美无缺的班长羽川翼，在第二学期首日，受到一只巨虎瞪视——这是空虚的独白，无人聆听的告白……
江戸時代、将軍・徳川吉宗の命により設置された目安箱に寄せられた庶民の声を受けて、「新中町奉行所」通称「蟲奉行所」が新設される。その役目は江戸に跋扈する巨大蟲を駆除すること。新米同心の月島仁兵衛は巨大蟲から江戸を守るため、先輩の同心達と共に戦うこととなる。
