楚留香在临终前透露了宝藏的秘密给萧氏一族，并说六十年后会有他的后人出现来取回宝藏。然而，萧氏一族内部有人贪图宝藏，最终发生了一场血腥的家族灭门悲剧。为了避免重蹈覆辙，萧十一郎（黄日华 饰）的父亲不得不舍命杀害了他的弟弟，使萧十一郎成为了唯一知晓秘密的人。 有传言称割鹿刀与宝藏有关，为了阻止传闻的继续散播，萧十一郎夺取了这把刀。然而，他意外发现这只是一把假刀，真正的割鹿刀掌握在神秘的小公子手中。小公子打算绑架武林第一美人沈壁君（向海岚 饰），为了追求真相，萧十一郎出手相救，并与沈壁君一起踏上了逃亡的旅程。
沈晚晴（曾宥臻 饰）因入狱四年被指不洁，柳府为了名声赶尽杀绝。换脸重生后变为商贾女兰梦嫣（曾宥臻 饰），为了复仇嫁入柳府，以身入局俘获柳家父子“芳心”。兰梦嫣为让柳家付出代价，令自己身处险境，此时暗中观察的秦墨修（崔雨鑫 饰）坐不住了……
かわぐちかいじの同名マンガを映画化した「沈黙の艦隊」の続編にあたる物語が後半で紡がれる。
故事紧接着上一季，通过一场精心策划的大爆炸，沃尔特（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 饰）终于除掉了长久以来的威胁古斯塔沃（吉安卡洛·埃斯珀西多 Giancarlo Esposito 饰），也将古斯塔沃一手建立的毒品帝国连根拔起。然而，“事业”上的成功并没有为沃尔特带来太多的快乐，因为他和妻子斯凯勒（安娜·古恩 Anna Gunn 饰）之间的关系再次跌落到了冰点。 古斯塔沃死了，但沃尔特的野心并没有消失，他联手杰西（亚伦·保尔 Aaron Paul 饰）与麦克（乔纳森·班克斯 Jonathan Banks 饰），开始建立属于他的新的帝国。一次偶然中，汉克（迪恩·诺里斯 Dean Norris 饰）在沃尔特家中发现了沃尔特就是海森堡的确凿证据，巨大的打击之下，他决心大义灭亲，昔日的连襟，如今沦为对手。与此同时，一股新的势力正在毒品圈内逐渐壮大，他们即将成为汉克最强大的敌人。
