近未来，为了治疗现代人类越来越多、越来越严重的精神疾病，位于东京的精神医疗综合研究所开发出一种可以反映他人梦境的机器。通过微型DC的帮助，梦境在显示器上呈现出来，更方便找到一个人焦虑的症结。某日，三台微型DC失窃，与之相关的研究人员的梦境接连被人侵入，随后受到严重伤害。美女医疗师千叶敦子另一个身份是梦境侦探“红辣椒”，她能够与患者同步体验梦境。为避免盗贼利用微型DC进一步作恶，她不得不潜入受害者的梦中寻找恐怖分子，一场充满奇幻和惊险的争斗旋即展开……本片入围2006年威尼斯电影节主竞赛单元，荣获2007年葡萄牙奇幻电影节影评人选择奖、2006年蒙特利尔电影节大众选择奖。

　　突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
　　不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。

在日本广岛县尾道市海边唯一的一家电影院迎来了闭馆，在风雨交加的闭馆夜，通宵上映着日本战争电影特辑，有三位来看电影的青年被突然袭击影院的闪电所包围，时空穿越进入了电影里的世界。江户时代、幕末乱世、戊辰战争、太平洋战争……三人逐渐发现自己正在游览银幕中的战争电影的世界，随着战争历史的变迁，电影技术也从黑白无声发展到有声电影和彩色电影。舞台转到了原子弹爆炸前夜的广岛，三位青年能否救下他们遇到的移动剧团，改变命运？

凯撒（安迪·瑟金斯饰）领导的猿族将被迫与残暴的Colonel（伍迪·哈里森饰）领导的人类军队上演一场生死大战。猿族在战斗中遭遇了前所未有的重创，由此激发了凯撒内心中黑暗的一面，心中燃起复仇的烈火。最终，凯撒与Colonel面对面进行了一场关乎猿族和人类命运的终极之战。

　　西元2133年，世界陷入荒芜与混乱，愚蠢的人类亲手用核武器摧毁了自己赖以居住的场所。硝烟与战火散尽之后，孕育着希望的新城奥林帕斯建立起来，高科技的产物生化人 隆重登场，充当着服务人类的重任，而ESWAT则担负起保卫世界和平的重任。在一次执行任务中，布里艾诺斯（山寺宏一 配音）为保护女友迪娜•纳兹（小林爱 配音）而身受重伤，之后ESWAT高层利用布里艾诺斯的基因制作了生化人特雷斯，并让他和迪娜组成新的搭档。虽然颇有抵触，但在一段时间的相处后，迪娜内心深处悄悄发生着变化。
　　与此同时，各地接连发生机器人失控危及人类的情况，而他们使用的武器全部指向了重工业最大生产国波塞冬。奥利帕斯高层研究加强对通信卫星的监控，突然之间，ESWAT内部经过改造的半机械人也失去控制。新的危机呈现，迪娜面临重大的抉择……

　　2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。
　　SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时……

　　21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。
　　但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。
　　拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。
　　另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。

　　在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。
　　三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……

　　大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。
　　现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。
　　没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系，
　　平行存在于现实世界中的横浜。
　　幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。
　　阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。
　　把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦，
　　目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。
　　就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。
　　他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。
　　「让７名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」
　　出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是？
　　随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。
　　那是曾一度打败赛文奥特曼的强敌。
　　和在横浜体育场工作的飞鸟，在横浜MaliTime博物馆工作的我梦，
　　以及大古这３人相聚在一起谈论年幼时的梦想和将来的打算，
　　期待着未来和他们擦出的火花吧。
　　早田、团、乡、北斗这４人也同样只是普通的人类。
　　并且也分别和秋子、安奴、秋、夕子结了婚，拥有了各自幸福的家庭。
　　《迪迦奥特曼》第２６话《彩虹的怪兽魔境》中登场的刚力怪兽希尔巴贡，
　　第３６话《超越时空的微笑》中登场的超力怪兽哥尔德拉斯，
　　都以希尔巴贡王和哥尔德拉斯王的身份复活了。
　　两只都是与时间和空间有关的怪兽，出现在这个世界也合情合意。
　　在与未来的谈话中，大古更加确信了自己的目标。
　　但是当从未来口中得知「穿着红鞋的少女」时，大古曾一度淡忘的记忆再次苏醒。
　　还是孩子的他，当时也曾见过穿着红鞋的少女。
　　将怪兽召唤至这个世界的幕后元凶，地狱星人超级希伯利特星人出现了。
　　当他把梦比优斯变成青铜像后准备大肆破坏之时，
　　从未见过的奥特曼出现了，
　　他的名字是「迪迦」！
　　昭和宇宙人和平成奥特曼激突！