现为公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音），按照课长荒卷大辅（塾一久 配音）的指示外出调查运输机被神秘并机的事件。结果途中遭到巴特（松田健一郎 配音）率领的武装分子的袭击。与此同时，遍布全国的交通管制系统也意外瘫痪。一切源于前七八联合部队的长官曾我和哉（泽木郁也 配音），他因制造难民虐杀事件遭到国家指控，而他的下属坚信这一切都是国家阴谋。曾我不甘被污，因此试图通过网络揭露大国的丑行。素子在调查过程中渐渐了解真相，而她也朝着组建自己的部队迈出重要的一步……
　　本片为攻壳机动队前传“ARISE”的第二部。

　　这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……
　　本片根据士郎正宗的原作改编。

　　斯塔克公司最新研制的天幕卫星“霍华德”即将升空，它超强的监视功能饱受争议。而托尼·斯塔克则饶有兴致地与战争机器詹姆士·罗德穿着各自的铠甲进行连番惊险刺激的较量。就在此时，号称“突击兵”的武装机器人入侵发射场，与钢铁侠和战争机器展开激烈的混战。而指挥部方面，一名自称以西结的神秘白色铠甲人释放出神秘生物细胞，杀害了所有眼前的生物。钢铁侠在与他的对决中遭遇惨败，指挥塔也彻底毁灭。在此之后，他拒绝向神盾局汇报细节，独自一人找到正在休假的佩珀·波茨，一同调查以西结的身份及其真实目的。
　　一方面，神盾局对斯塔克紧追不放；另一方面，来自暗处的敌人也接二连三向他袭来……

　　看不到一点绿色的荒漠中央，一辆越野车载着数名全副武装的人类疾驰而过。他们来到了那座早已成为废墟的大都市，寻找各种可以回首的有用材料，同时执行这一项极其危险的秘密任务。他们的举动很快就被对手发现，那是一辆战争时期遗留下来的智能战车，它可准确感知对手的存在，并第一时间发动毁灭性的攻击。战士们按照原定计划展开合围，可是根本抵挡不住机器战车的猛烈炮火。
　　死一般沉寂的都市，人和机器的战争逐渐升级。可叹的是，人类制造出如此精良的武器，却用它来毁灭了文明，毁灭了自己……

　　真历71年，挺过了多尔西亚攻击的77模组终于抵达月球，而他们也目指近在咫尺的地球，渴望回到吉奥尔人的故国。随着操控Valvrave的次数不断增多，时缟晴人（逢坂良太 配音）饱受符文力量的折磨，最终他和艾尔艾尔弗（木村良平 配音）缔结契约，决心背负着诅咒走到战争的尽头。此后不久，晴人和流木野咲（户松遥 配音）、犬冢久间（小野友树 配音）、山田雷蔵（中村悠一 配音）、连坊小路里见（浪川大辅 配音）、连坊小路晶（悠木碧 配音）驾驶各自的Valvrave成功抵达地球，然而相关数据的偏差却让他们深陷多尔西亚大军的重围。
　　悲剧的战争与宿命，少男少女充满血和泪的革命之路……

　　晴朗明媚的一天，艾米（金元寿子 配音）在基地中向雷德（石川界人 配音）以及其他人讲解运送物资的重要性，其间提到任务失败就会变成废墟船甚至幽灵船的可怕结果，吓坏了在场的许多人，而雷德对“幽灵”似乎全然没有概念。正所谓说曹操曹操到，一组大型的废墟船团出现在基地附近。丽姬朵（大原沙耶香 配音）、贝露丝（伊藤静 配音）、皮尼欧（小西克幸 配音）、雷德以及艾米登上船团调查。皮尼欧趁机举行试胆大会，要好好吓吓雷德和艾米两人。另一边，废墟船团似乎触动了丽姬朵的心弦，她娓娓向贝露丝讲述了一段青葱往事……
　　本片为同名TV动画第14集未放送话。

　　C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......

　　Heroine（名冢佳织 配音）只是一名普通的少女，在8月1日这一天，醒来的她发现自己竟然失去了所有的记忆，在慌乱之中，一个名叫Orion（五十岚裕美 配音）的精灵出现在了她的面前，精灵告诉Heroine自己被困在了她的内心里，只有当Heroine找回了自己的记忆，他才能够重获自由。
　　就这样，仅仅凭借这手机中储存的一个名字，少女踏上了寻找记忆的旅途。表面冷淡但实际上十分热心的Shin（柿原彻也 配音），具有独特魅力的Ikki（谷山纪章 配音），天才数学家Kent（石田彰 配音），温柔又可靠的Toma（日野聪 配音）等青年接连出现在了她的面前，每个人都在用各自的方式指引着Heroine前进，而终点之处，又是什么在苦苦守候呢？