丐帮帮主乔峰（黄日华 饰）英雄盖世、义薄云天，与燕王后裔慕容复（张国强饰）并称“北乔峰，南慕容”。时值江湖上突发多起命案，乔峰在帮助慕容复洗刷嫌疑的同时，却不想被丐帮的阴谋党揭发了自己的身世之谜，更因此被逐出丐帮。乔峰在追寻江湖命案和自己身世之谜时，与慕容复的婢女阿朱（刘锦玲饰）患难见真情，结下共度一生的盟约，却最终因为两人误解阿朱的生父就是乔峰一直要寻找的“带头大哥”，而酿下不可挽回的悲剧……
　　另一方面，大理镇南王世子段誉（陈浩民 饰）外出游玩，阴差阳错掉下悬崖进入琅嬛福地，段誉在洞中偶得“北冥神功”和“凌波微步”两部武功秘笈，也对洞中一幅画像中的“神仙姐姐”一见钟情。其后他闯入曼陀山庄，发现慕容复的表妹王语嫣（李若彤饰）长相与“神仙姐姐”一模一样，无奈王语嫣一直钟情于表哥慕容复。在步步跟随王语嫣和慕容复的同时，段誉不慎发现了慕容复的阴谋，而王语嫣也逐渐被段誉的深情所打动。
　　与此同时，少林寺小沙弥虚竹（樊少皇 饰）偶遇了遭仇家追杀受了重伤的天山童姥，善良的虚竹背着童姥一起逃难，更演绎了一段武林奇遇……

　　这日，飞鱼山庄弟子叶梦色（杨怡 饰）和宋晚灯（郭耀明 饰）马不停蹄的赶到聚贤镇去阻止黑白两道的仇杀，因为黑白两道每五年一次的金印之战在即，他们闻识黑道将派人刺杀白道参战的高手。岂料他们刚到那里，黄山派高手丘断刀就被人击杀，令人意外的是，求死大师却自认是杀人凶手。求死大师的好友神相李布衣（林文龙 饰）为了调查真相，还好友一个清白，于是着手调查这宗悬案。布衣发现了一位行踪神秘的蒙面人，还得知他曾打听雁荡派高手秦燕横的下落，心感不妙的布衣马上跟踪蒙面人。布衣跟总蒙面人来到戏院，发现了在场的秦燕横，布衣为了阻止秦燕横被杀，和蒙面人大打出手，不料这时一阵狂风吹过，秦燕横竟然心脏破裂而死！随后，布衣在秦燕横身上发现了医神的一线针，令事件越发迷离！

　　许德（林家栋 饰）是智能尊者在许下了“地狱未空，誓不成佛”的愿望后投胎转世而来，许德和名医孙女凤（陈妙瑛 饰）两情相悦，而文瑞公主（汤盈盈 饰）亦为许德的才情所倾倒，命他考取举人。许德拒绝了文瑞公主的命令，惹恼了后者，并且直接导致了孙女凤的死亡。
　　伤心的许德在老布袋（秦煌 饰）的建议之下出家为僧，希望能通过自己的善举使孙女凤重生。在此过程中，太宗（张兆辉 饰）受到了许德的感化，文瑞公主更是忏悔了自己的罪行，出家为尼，谁知许德的种种举动使太后（白茵 饰）大为不满，导致魔僧昊天（单立文 饰）在人间为非作歹，涂炭生灵。

　　TVB曾在94年请金超群班底拍摄《包青天》 续集，拍完第五单元滴血红梅后，原本决定再开30集，但此时因制作方卷款潜逃，金超群本人没有拿到制作费用，便上香港索取，无线高层为此大为不满，认为有失颜面。于是双方闹上法庭，金超群扬言如果无线不肯公开承认错误，便要对薄公堂。没有拿到索赔，谁也别想播出《包青天》，于是，云集了港台当家小生花旦的港资台制《包青天》至今仍被无线仓底。
　　之前无线曾在k100节目上向观众承诺将在华视《包青天之五鼠闹东京》单元播毕后播出续集，为不惹口舌之嫌，无线遂立即在香港组织人员开拍港版《包青天》，并高价请来狄龙演出包公。该剧一拍就是80集，共有16个单元。每个单元有充满传奇色彩，而当中发生的奇案都涉及法理与人情，每个主角的背後都藏有一段不为人知的过去。而且因为弃用了台湾制作班底，使得港剧更像一部香港古装涉案剧，少了鬼怪神话因素，彻底将包大人凡人化，因此，该剧一经播出，也获得了不错的收视。

　　表面看来，薛丹仁（李思捷 饰）只是一介普通警员，可实际上，他在玄学方面颇有造诣，并将其灵活运用，因此而破获了诸多让同行们头痛不已的谜案，再加上一个神通广大的好友梁醒裘（梁烈唯 饰）出手相助，令薛丹仁在业界获得了良好的口碑，甚至引起了上司车季菲（万绮雯 饰）的注意。
　　车季菲学习犯罪心理学出生，对待事情习惯理性当先，同薛丹仁大相径庭，然而，两人之间却产生了意外的默契。城中频发的连环失踪案让市民们陷入了恐慌之中，扑朔迷离的案情令车季菲十分困惑，让她没有想到的是，这起案件竟然同薛丹那不为人知的过往有着千丝万缕的关联。

　　1993年，特技演员烈风（方中信 饰）与女友贺千惠（萱萱 饰）、好友凌克洋（林保怡 饰）前往西安旅游，却意外地在古墓中见到了幼年时的救命恩人步荆红（王菲 饰），他震惊于步荆红20年如一日的容貌并展开了调查。原来步荆红是秦朝时获得长生不老药的舞姬胭脂，孤独千年，只为寻找变 回正常人的秘方，而她不知的是，同样获得了不死之身的秦将军嬴战（单立文 饰）一直都在追寻她的下落。烈风在寻找真相的同时渐渐爱上了步荆红，而荆红却一再压抑，拒绝感情。命运交织，改名为盛世秦的嬴战终于找到了荆红，而他依然不改残暴本性，祸害人间，想尽办法拆散烈风与荆红，并且还想彻底破坏荆红成为普通人的愿望。

　　时光飞逝，物换星移，关外神鹰霍飞腾之子(山野大藏)带着师傅临终嘱托从东瀛来到中原。在济南城，约战了白三空。为达到不可告人的目的，白三空将计就计，利用和大藏的比武“诈死”。 一段悲痛之后外孙方宝玉决心努力学武，为外公报仇，于是前往渤海之滨面见紫衣侯。途中却被白水宫的王大娘抓住，酒楼外，天真聪明的宝玉施计让第一次来到岸上看什么都好奇的奔月救了自己，经历了偷马等，两人渐生情愫。
　　武林豪杰们为了各自的目的都来到了渤海之滨面见退隐江湖的“天下第一剑客”的紫衣侯。与宝玉走散的王巅之女珠儿在一座破庙中遇到了无意间被一小孩刺伤的大藏，一路相处下来，两人渐渐有了说不清的感觉。
　　五色帆船上，脱尘献上汗血宝马，希望紫衣侯能够去大宛国当国师，被紫衣侯一口拒绝；青木堡少主木郎神君向紫衣侯求取解药也被拒绝；只有“黄河狂侠”王巅几经劝服了紫衣侯为中原武林和大藏比武，最终大藏因下盘不稳中剑落入大海。
　　见过白三空书信的紫衣侯收留了方宝玉后，一行人悄悄潜回侯家老宅。宝玉不满紫衣侯对待自己的方式，偷偷逃走了，任性倔强的奔月也随之一同离开。
　　对脱尘一见钟情的木郎，从李子原等人手中解救了脱尘，二人一同赶回青木堡。被白水圣母搭救的大藏得知白水宫即将袭击青木堡，便风尘仆仆赶来。原来，在赶往渤海之滨的途中大藏与木郎已经建立了兄弟般的感情。
　　离开渤海之滨后珠儿跟踪王巅被发现，侥幸逃脱后的她遇到了大藏，兴奋不已。大藏仍旧不放弃师傅寻找中原名剑的嘱托，约战赤松道长。而此时，隐藏在幕后的白三空与伪君子王巅商议设计让赤松败于大藏手下。交手后，大藏虽然杀了赤松，可是仍没有拿到“赤霄宝剑”，而且也身受重伤。“武林正派”人士前来追杀大藏，白水圣母再次搭救了他。看着昏睡中的大藏，假扮白水圣母的白艳烛情不自禁地忆起过往和霍飞腾的相识。
　　发现有人跟踪，紫衣侯决定并分两路，由紫衣侯引开敌人，稍候在关外与宝玉、奔月汇合，解开宝玉的身世之谜。途中宝玉、奔月在危难之际被“酒肉池林”的金祖扬搭救。
　　关外草棚内，李子源乘金祖扬和宝玉不在，把奔月给虏走。为救奔月，宝玉在金祖杨的指点下练就了盖世神功。
　　大藏和珠儿假扮道人潜入白云观准备将木郎和脱尘救走，却被武当众人围住，珠儿施计让众人脱险，自己却被逮住。王巅让女儿为他卧底在大藏身边遭到拒绝，便下在珠儿体内种下了蛊惑。
　　奔月在被带往白云观的途中被晴天大师所劫。为救奔月，宝玉追至少林。就在此时，少林晴空大师被白三空所杀，并嫁祸于武当。白水宫再次攻打青木堡，大藏、脱尘、木郎又一次被擒，并且暂时加入了白水宫。为救珠儿大藏决定再上白云观，白水圣母也同意协助。
　　众豪杰为选取新的武林盟主齐聚白云观，为缓解各方矛盾，最终决定由方宝玉出战大藏。这一切也正是白三空、王巅等人一手策划的。然而这一战让珠儿和大藏、宝玉和奔月几位年轻人的感情陷入了无法收拾的僵局，王巅却登上了武林盟主之位。一些迹象让紫衣侯、金祖杨开始怀疑白三空和王巅等人。
　　为救受伤的大藏和中毒的珠儿，紫衣侯和白水圣母，宝玉和大藏暂时放弃了过往的恩怨。宝玉带着珠儿去解毒，金祖杨提醒解毒后珠儿将失去记忆，珠儿害怕忘记大藏，偷偷逃走了。王巅表示要号令武林人士剿灭魔教，白水宫危难在其。紫衣侯在女儿奔月的请求下，留下来与白水圣母等共同迎战。一场激战后，大藏和木郎已经与大伙走散了，圣母和紫衣侯等人被逼进入沉香谷。为救脱尘和奔月，紫衣侯、圣母严重受伤，紫衣侯的温情让白艳烛感动，决定揭开面具。
　　为找到珠儿的宝玉在白家老宅遇到了木郎，对他产生了怀疑，一路跟踪，发现木郎竟是朝廷的鹰犬。木郎摆脱不了宝玉，便对他下毒手。逃亡中的宝玉在沙漠中遇到了迷路的脱尘和奔月，奔月见到宝玉两人既兴奋又因白云观上的事情仍不能释怀。走出沙漠后，三人发现到处都是抓捕宝玉的通缉令，宝玉说出木郎的真正身份，脱尘并不相信。直到三人被擒，脱尘悲痛欲绝。
　　木郎威逼利诱宝玉效命朝廷，为了奔月宝玉暂时同意了。宝玉奔月出狱后，遇到了受伤的白艳烛和紫衣侯，同时也知道了自己的真正身世。一时间难以接受紫衣侯就是自己的杀父仇人，宝玉便带着奔月离开了。他们在庵堂见到了已经失忆的珠儿和无意间发现珠儿而留下来的大藏。四人相见，不免又勾起了过往的恩恩怨怨。就在此时，奔月被木郎再次绑架了。木郎给了宝玉三个月的期限，拿白艳烛和紫衣侯的人头救奔月。此时，紫衣侯和白艳烛二人为寻找宝玉、奔月前往了云南，在酒肉池林，宝玉、金祖扬、紫衣侯、白艳烛再次相遇。
　　为了寻找宝剑，珠儿跟随大藏再次上路，途中发现了李子原，他们一路跟踪，遇到了宝玉。三人决定跟随白三空找到木郎救出奔月。
　　感觉到木郎等人很快就要来到，金祖杨、紫衣侯和白艳烛决定前去寻找剑阁，保护天下名剑。
　　众人都齐聚到了传说中的罗雅古城，为此所有恩怨都要在这里了结，一战恶战就这样展开了。千钧一发时刻，木郎神君死在了心爱的女人的剑下，脱尘也悲凉地自杀了。大藏和宝玉面对二人原来是同母异父的亲兄弟，心情复杂。
　　三个月后，宝玉，大藏在剑阁前一场决斗。没想到大藏的“长光”被宝玉砍断，里面露出师傅左佐木次郎的遗书，讲出了大藏的身世之谜。
　　大藏终于将“干将、莫邪”两把宝剑送回给了他的亲生父亲：霍飞腾。远处看到这一切的宝玉和奔月高兴上路，向未来奔去。