清朝初期，康熙皇帝尚且年少，奸臣从中控制政权，民不聊生。“天地会”是一个推翻清朝的民间组织。“天地会”首领陈近南（刘松仁饰）在一次行动中幸得韦小宝（周星驰饰）相救，小宝就此加入天地会，被派到王宫当卧底，偷取藏有清朝秘密的四十二章经。聪明机灵的小宝很快便成为了皇上的心腹，做了大官。小宝陷入了两难的状态，他既要执行任务却又跟皇帝成为了好朋友。就在小宝想要逃走之际，师父陈近南也找到了他，并派人监视他回到王宫。不久，小宝便受到了鳌拜同盟以及假太后的追杀，与天地会的人大战起来。

　　素素被翠山追杀，逃至破庙诞下孩儿，翠山不忍杀素素，夫妇带同孩儿远走天涯。素素带翠山往见父白眉鹰王，鹰王误会翠山及龙门镖局灭门凶手，翠山捉拿。素素求情，鹰王释放翠山。二人带孩儿访谢逊，谢逊为孩儿命名无忌，认作义子。谢逊突失常性，误会翠山谋夺宝刀，欲杀翠山，素素为救夫以暗器将谢一目射瞎，谢受创回复清醒。翠山遇见师妹施金凤，得知张三丰为维护自己约斗九大派。夫妇决定回武当相助。途中无忌被玄冥神掌重伤，为施金凤所救。九大派以少林空闻大师为首赴武当迫翠山说出谢逊下落，并偿还龙门镖局血债。翠山重义，不肯说出谢逊不落，并否认杀害龙门镖局众人，各派不信。素素不忍翠山蒙冤，说出真相自首。翠山为维护素素，自刎身亡，素素亦自杀殉夫。无忌赶至，见父母双亡，悲恸不已。

　　清朝初期，康熙皇帝尚且年少，奸臣从中控制政权，民不聊生。“天地会”是一个推翻清朝的民间组织。“天地会”首领陈近南（刘松仁 饰）在一次行动中幸得韦小宝（周星驰 饰）相救，小宝就此加入天地会，被派到王宫当卧底，偷取藏有清朝秘密的四十二章经。聪明机灵的小宝很快便成为了皇上的心腹，做了大官。小宝陷入了两难的状态，他既要执行任务却又跟皇帝成为了好朋友。就在小宝想要逃走之际，师父陈近南也找到了他，并派人监视他回到王宫。不久，小宝便受到了鳌拜同盟以及假太后的追杀，与天地会的人大战起来。

　　清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿（李连杰）常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽（元彪）在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨（关之琳）后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。
　　严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。

　　故事发生在名为“三宝寺”的古刹之中，住持即将圆寂的消息惹得江湖之中一片风雨，原因在于寺庙之中藏有的珍贵手写经书《大乘起信论》，谁若能接替住持的衣钵，便能获得这无价的珍宝。住持有三个徒弟，传衣钵是大事，于是，住持请来了王将军（田丰 饰）、施主文安（孙越 饰）和悟外法师 （ 吴家骧 饰），除了悟外法师之外的两人均觊觎经书的价值连城，文安甚至带来了女飞贼白狐（徐枫 饰）以备不时之需。
　　住持有三个徒弟，大师兄（石隽 饰）和二师弟早已经被王将军和文安收买，只有三师弟慧思（秦沛 饰）是一心一意的为寺庙着想。就在这个节骨眼上，一位名叫邱明（佟林 饰）的男子来到寺里剃度为僧，邱明身为流犯却实为含冤受屈，而令他受冤且害他家破人亡的罪魁祸首不在别处，正在这寺庙之中。