位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

　　时间为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。
　　但是，不料发生了“过了结束时间却还没有登出”的异常事态。NPC们开始以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。飞鼠为了寻找过去的同伴，以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。

　　Welcome to a world ravaged by explosions of violence, a world without love. Jung, the broken-hearted hero, pursues his quest: reunite with Maria, his lost love, savagely decapitated by Little Jesus. He can count on the support of allies met along his bloody path, encounters that provide an understanding of others, but especially of himself. He also has to deal with his “violent outbreaks,” an incontrollable curse that springs from his murderous soul.

住在意大利那不勒斯的青年乔鲁诺·乔巴拿，是继承了乔斯达家宿敌·DIO之血脉的儿子。幼年时遭受迫害而自暴自弃的他，由于拯救了一名黑帮男子，而学到了“相信他人”。不忘恩义、带着敬意对待自己的黑帮，让他的心变得率直。就这样，乔鲁诺开始对“黑帮明星”怀有憧憬。15岁的乔鲁诺，与统领意大利黑社会的黑帮组织“热情”一同引发事端，并成为被盯上的目标……

　　和我们一起，继续成长的物语。
　　阿良良木历的物语结束了。
　　以地狱般的春假为开端，
　　历经各种因缘际会，
　　阿良良木历高中生活最后的一年结束了
　　——原本是这么想的。
　　但就在毕业典礼结束的第二天早晨，发生了意想不到的事态。
　　历，迷失到了镜中的世界。
　　这是，既非高中生也非大学生，
　　处在这种时期的阿良良木历所体验的，
　　终结之继续的物语。
　　高中毕业典礼的第二天早晨。
　　准备洗脸而面向洗脸台镜子的历，
　　陷入了被映在那里的自己盯着看的感觉。
　　他不由得用手触碰镜子，
　　于是手指尖就这样陷了进去……。
　　回过神来，历已经身处一切都反转过来的世界中。