渡濑青叶（松冈祯丞 配音）就读于诚应高校，是一名平凡的高中生。青叶拥有着沉着冷静的性格和强健机敏的体魄，是朋友们眼中可靠的存在。某日，青叶竟然遭到了一架奇异机体的猛烈攻击，就在这个节骨眼上，另一架机体即使出现，拯救了青叶。
　　救了青叶的是名叫弓原雏（早见沙织 配音）的少女，表面上看来她不过是青叶的同班同学，可实际上，雏来自于未来，专程为了保护青叶而潜伏在他的身边。一场意外将青叶和雏带往了未来世界，在那里，青叶亦成为了机体驾驶员，并结识了他一生的挚友迪奥（内山昂辉 配音），在这个充满了危机和战斗的世界中，青叶能够生存下来吗？

　　约四十年前，人类在火星发现史前文明“Aldnoah”科技。伴随着火星殖民进程与科技垄断主张，火星开拓民与地球之间的摩擦越发扩大。
　　2014年，处于休战状态的地球与火星正在进行和平谈判。火星“薇瑟帝国“公主艾瑟依拉姆（雨宫天 配音）以亲善大使的身份访问地球，为打破坚冰做出努力。她的游行车却在日本新芦原市遭到恐怖分子的导弹攻击。火星帝国将其视为地球的宣战公告，随即对地球各国发出攻击，两个星球间的战火再次爆发。受过格斗技与人形战斗兵器训练的地球高中生界冢伊奈帆（花江夏树 配音）与伙伴们加入机甲骑兵战斗。与此同时，公主的侍从斯雷因（小野贤章 配音）亦卷入战争，为救出帝国公主而努力。

　　特搜队“UPG”，地底居民维克特利人、切布尔星人艾克塞拉和他的手下智能机器人-10，并且银河斯特利姆形态都将登场。前作《银河奥特曼》的两年后的世界为舞台的本作，根据新的超常现象，为准备应对危机而新设立的特搜队——UPG（全称：Ultra Party Guardians）。守护者神秘的能量水晶体“维克特利水晶”的地底居民“维克特利人”，谋划夺取“维克特利水晶”的宇宙人——切布尔星人艾克塞拉以及他的手下组成的安卓机器人-10和怪兽们、以及新的奥特曼“维克特利·奥特曼”的加入、从泰罗·奥特曼中获得新力量并升级的“银河斯特利姆形态”的登场。将前作规模升级，是一部全面展开冒险的特摄片。

　　以主人公安久为轴，描写战斗少女们的群像剧。故事讲述了掌握了高端情报技术“玛娜”的人类，借助它的力量克服了地球上的战争、饥饿、污染等问题，终于迎来了和平的理想乡。然而，作为皇国第一皇女的安久丽莎，却因无法使用这等魔法之力而沦为士兵，并被派遣到偏僻的岛屿上，同其他少女们操纵变形人型兵器“帕拉美露”，共同对抗入侵而至的巨大攻击型生物——龙。于是，少女的不屈物语就此开始了……

　　这部全新“星战”动画系列《星球大战：反叛军》的故事发生在介于《星战》第三章和第四章之间（摧毁最后的绝地武士的帝国反击战）的纪元。而《星球大战：克隆战争》动画系列片导演戴夫·费罗尼将出任这部全新动画系列的监制。片中的艺术概念则将采用曾为“星战”系列电影设计过经典角色和场景的 已故科幻大师拉尔夫·麦考瑞的作品。
　　《星球大战：反叛军》将延续星球大战冒险史诗的传统。这是银河系的黑暗时刻，邪恶的银河帝国以铁血统治占领了一个偏远的星球并行使种种破坏其人民生活的恶行，但有一群人勇敢地站起来反抗。这一群人将面临威胁恶棍的威胁，经历惊心动魄的冒险，而成为英雄。

　　故事开端为第一季故事的七年之后。
　　高达模型对战的规则被革新，亦令其对战更受欢迎。
　　虽然伊织诚和岭司得到第7回敢达模型对战世界大赛的冠军，也令学校圣凤学园沾光不少。不过，其“高达模型对战部”就只剩下部长—国中部3年级学生·星野文奈一人。
　　在新比赛规则底下，如果要参加比赛必须以3人1组的参与战斗。而圣凤学园高达模型对战部郤因为人数不足的情况下难以出场。
　　在偶然的之间，出现了一名转校生，就是跟随师傅修行多年次元霸王流拳法的神木世界。之后，被称为天才高达模型创制家的高坂祐马也加入。
　　终于，星野文奈、神木世界、高坂祐马三人组成了Team·Try·fighters，能够在高达模型对战大赛中登场，向世界大赛展开挑战。

　　不断增长的人口和不断恶化的环境让人类不得不开始考虑起了他们的未来，就这样，“火星地球化”的计划被提上了日程，人们通过向火星地表投放藻类和蟑螂使其颜色变深，如此一来便可吸收阳光提高气温。之后，BUGS1号搭载着六名宇航员，踏上了前往火星的旅程，目的在于生物样本的采集和运送。
　　令六人以及全人类没有想到的是，火星上特殊的气候令生活在其中的蟑螂发生了变异，它们不仅异化拥有了人类的体魄，还产生了极强的攻击性和战斗能力，几乎是在瞬间，六人全军覆没。幸运的是，一只蟑螂的头部样本被传送回了地球，科学家们研究后决定称其为“火星异种”。出乎所有人意料的是，这种可怕的生物在未来，竟然成为了拯救人类的唯一希望。

　　在暑假结束後的第一天，一名因为意外而回到过去的大佐基利亚共和国驾驶员，对渡瀬青叶展开了袭击。弓原雏为了保护渡瀬青叶，也乘上了自己的机体，与敌人展开战斗。但最后两人却因为又一次的意外，来到了未来的世界。在转移过程中，弓原雏只留下了“迪奥正在等你”的讯息，就随即消失了……