《海绵宝宝》的故事情节主要围绕着主角海绵宝宝和他的好朋友派大星、邻居章鱼哥、上司蟹老板等人展开，场景设定于太平洋海底，一座被称为比奇堡的城市。海绵宝宝是方块形的黄色海绵，住在比基尼海滩（裤头村、比奇堡）的一个菠萝里，他的宠物是一只会“猫~猫~”叫的海蜗牛小蜗，海绵宝宝喜欢捕捉水母，职业是蟹堡王（TheKrustyKrab）里的头号厨师。派大星和姗迪都是他的朋友。海绵宝宝总是能给平静的世界制造麻烦，虽然闹出一些笑话，不过他总能摆脱困境，然后又制造出新的麻烦。这部动画除了固定描绘的卡通场景与人物之外，也会穿插一些真实的物件或人物：例如曾出演《海滩游侠》与《霹雳游侠》的大卫·哈塞尔霍夫，以本人的身份出演了几集。但海绵宝宝卡通的内容基本上与海洋知识无关，甚至夸大到完全不合乎科学与常识，例如海底生火、海底冲澡等，剧集内容也会时不时的嘲笑精致艺术和章鱼哥的劳工权益想法。
海绵宝宝一块打着领带的方块形黄色海绵，住在比奇堡海滩深海的一个菠萝里，喜欢捕捉水母，职业是蟹堡王里的头号厨师。海绵宝宝总是能给平静的比奇堡海滩制造麻烦，虽然闹出一些笑话，不过他总能摆脱困境。
由于父亲欠下了一屁股债人间蒸发，无家可归的女儿桃园奈奈生（三森铃子 配音）只得流浪街头。在这途中，奈奈生帮助了一位被恶狗追逐的男子，男子告诉奈奈生自己名叫御影（石田彰 配音），而在得知了奈奈生的遭遇后，他意外的提出将自己的住处让给奈奈生。一间荒芜的神社——这便是御影所说 的住处，奈奈生自觉上当，却也没有别的地方好去。更令她吃惊的是，御影竟然是神社的土地神，而如今，土地神的头衔，自然也随着住处转嫁到了奈奈生的头上。 莫名其妙的成为了土地神，而身边又出现了称她为“主人”的神使巴卫（立花慎之介 配音），奈奈生还未搞清楚状况，各路个性可爱又调皮的神灵就接二连三的降临到了她的身边。
“我不是无所不知，但我知道阿良良木的事情。”完美无缺的班长羽川翼，在第二学期首日，受到一只巨虎瞪视——这是空虚的独白，无人聆听的告白……
